SMA Dr. Soetomo Surabaya memiliki Laboratorium Biologi dengan memiliki fasilitas yang cukup lengkap, dari berbagai macam alat-alat peragaan laboran yang memenuhi standart operasional sekolah, Laboratorium Biologi SMA Dr. Soetomo juga di fasilitasi dengan berbagai macam alat-alat kimia dan juga di lengkapi fasilitas AC dan LCD proyektor yang sebagai alat perlengkapan mengajar.