Dengan adanya Laboratorium Fisika yang memiliki fasilitas yang cukup lengkap, dari berbagai macam alat-alat peragaan laboran yang memenuhi standart operasional sekolah, Siswa-siswi bisa melakukan praktek pembelajaran dengan maksimal. Lab. Fisika SMA Dr. Soetomo juga di fasilitasi dengan berbagai macam alat-alat kimia dan juga di lengkapi fasilitas AC dan LCD proyektor yang sebagai alat perlengkapan mengajar.